Scaled and efficient derivation of loss-of-function alleles in risk genes for neurodevelopmental and psychiatric disorders in human iPSCs

“La strada per l’inferno è lastricata dalle buone intenzioni dell’ingegneria genetica.”

Erwin Chargaff

L’archivio delle cellule staminali: una rivoluzione nella ricerca dei disturbi psichiatrici e del neurosviluppo è una straordinaria risorsa che sta cambiando il modo in cui studiamo le radici genetiche di tali disturbi. Questo archivio innovativo è stato creato per consentire agli scienziati di esaminare gli effetti delle mutazioni genetiche su linee cellulari specifiche, aprendo nuove prospettive nella ricerca. Inoltre, l’archivio promuove la condivisione di queste linee cellulari tra i ricercatori, creando una preziosa risorsa per future indagini nel campo delle neuroscienze e della psichiatria. Scopriamo come questa importante iniziativa sta aprendo nuovi orizzonti nella comprensione e nel trattamento di tali disturbi complessi.

Le radici genetiche dei disturbi psichiatrici e del neurosviluppo

La comprensione delle radici genetiche dei disturbi psichiatrici e del neurosviluppo è fondamentale per avanzare nella ricerca e nella diagnosi di tali condizioni. Le mutazioni genetiche possono svolgere un ruolo significativo nello sviluppo di queste patologie, influenzando il funzionamento del cervello e del sistema nervoso. Gli scienziati hanno identificato numerosi geni che sono associati a disturbi come l’autismo, la schizofrenia e il disturbo bipolare. Tuttavia, le complessità delle interazioni genetiche rendono difficile comprendere appieno come queste mutazioni influenzino lo sviluppo cerebrale e contribuiscano alla manifestazione dei sintomi. L’archivio delle cellule staminali offre un’opportunità senza precedenti per studiare in dettaglio gli effetti delle mutazioni genetiche sullo sviluppo neurale, aprendo nuove strade per la ricerca e l’identificazione di terapie mirate.

Miglioramento dell’efficienza dell’editing delle basi iSTOP grazie all’arricchimento delle cellule con il gene reporter modificato.
(A) Cassetta BFP del vettore reporter CBEmax_Enrich. Il cambiamento da C a T trasforma la BFP in EGFP nelle cellule sottoposte a editing delle basi. APOBEC, apolipoproteina B mRNA editing catalytic polypeptide-like, l'enzima di editing delle basi.
(B) Alta efficienza di editing da C a T di due sgRNA iSTOP (iSTOP#1 a sinistra e iSTOP#2 a destra) in cellule HEK293 dopo arricchimento. A sinistra: i modelli di gating cellulare delle singole cellule dissociate (trasfettate; in alto) e delle cellule GFP+ arricchite di editing (in basso).
(C) Miglioramento dell'efficienza di editing da C a T in hiPSC per gli stessi sgRNA iSTOP di cui al punto (B). Freccia rossa: editing da C a T voluto; freccia nera: editing da C a T non voluto. L'efficienza di editing in (B) e (C) è stata calcolata utilizzando EditR che ha visualizzato la composizione delle basi del DNA sotto ogni picco di traccia di sequenziamento.
(D) Abbattimento dell'espressione del gene target (APOE) in linee hiPSC omozigoti o eterozigoti per l'allele T dopo l'editing con gli sgRNA iSTOP1 e iSTOP2. Sono mostrate due linee donatrici e l'espressione di mRNA è stata quantificata mediante qPCR e normalizzata all'espressione di GAPDH. N = 3 colture cellulari indipendenti. I dati sono presentati come media±S.E.M.

La creazione dell’archivio delle cellule staminali

La creazione dell’Archivio delle cellule staminali rappresenta un importante traguardo nella ricerca dei disturbi psichiatrici e del neurosviluppo. Questo archivio è stato creato con l’obiettivo di raccogliere e conservare linee cellulari provenienti da individui affetti da queste patologie, consentendo così agli scienziati di studiare in modo approfondito le radici genetiche che ne sono alla base. Grazie a questo archivio, i ricercatori hanno a disposizione un nuovo metodo per indagare gli effetti delle mutazioni genetiche su queste condizioni, aprendo la strada a una migliore comprensione dei meccanismi sottostanti. Inoltre, l’archivio favorisce la condivisione delle linee cellulari tra i diversi laboratori di ricerca, permettendo così uno scambio di conoscenze e una collaborazione internazionale senza precedenti. Questa risorsa si rivela fondamentale per le neuroscienze e la psichiatria, offrendo nuove prospettive per lo sviluppo di terapie innovative e mirate.

Un nuovo metodo per lo studio degli effetti delle mutazioni genetiche

Nel campo della ricerca dei disturbi psichiatrici e del neurosviluppo, è emerso un nuovo metodo promettente per studiare gli effetti delle mutazioni genetiche. Questo approccio innovativo si basa sull’utilizzo dell’archivio delle cellule staminali, una preziosa risorsa che consente agli scienziati di analizzare le linee cellulari derivate da individui affetti da tali disturbi. Grazie a questo metodo, gli studiosi possono studiare in dettaglio gli effetti delle mutazioni genetiche sulle cellule staminali, permettendo loro di comprendere meglio i meccanismi sottostanti ai disturbi psichiatrici e al neurosviluppo. Ciò apre nuove prospettive per lo sviluppo di terapie mirate e strategie preventive. Inoltre, l’utilizzo dell’archivio delle cellule staminali favorisce la collaborazione tra i ricercatori, consentendo loro di condividere le linee cellulari e i dati ottenuti. Questo metodo rappresenta quindi un importante passo avanti nella ricerca scientifica e offre nuove opportunità per comprendere e trattare questi complessi disturbi.

L’efficiente pipeline di editing delle basi iSTOP introduce alleli LoF su larga scala.
(A) Il flusso di lavoro che consente l'editing iSTOP in lotti di 24 (23 geni target +1 controllo). La trasfezione delle hiPSC è stata eseguita su una piastra da 24 pozzetti, seguita da un singolo ordinamento delle hiPSC, dall'espansione di un singolo clone su una piastra da 96 pozzetti, dalla conferma del sequenziamento clonale e dall'archiviazione delle hiPSC.
(B) I geni e le linee hiPSC utilizzati nello studio attuale. Nel riquadro grigio sono elencati nove geni prioritari (capstone genes) del Consorzio SSPsyGene. Gli altri geni sono quelli a rischio di NPD selezionati dal Consorzio SSPsyGene per avere le più forti associazioni con la malattia e le più alte priorità per la creazione di alleli LoF.

La condivisione delle linee cellulari per la ricerca futura

La condivisione delle linee cellulari rappresenta un passo fondamentale per la ricerca futura nel campo dei disturbi psichiatrici e del neurosviluppo. Grazie all’archivio delle cellule staminali, i ricercatori hanno accesso a una vasta gamma di linee cellulari, provenienti da donatori diversi, che presentano mutazioni genetiche associate a tali disturbi. Questo permette loro di condurre studi comparativi e di individuare le peculiarità di ciascuna mutazione, al fine di comprendere meglio i meccanismi sottostanti e sviluppare nuove terapie. La condivisione delle linee cellulari promuove la collaborazione tra i ricercatori e favorisce la trasparenza nella comunità scientifica. Inoltre, offre l’opportunità di riprodurre e confermare i risultati ottenuti in diversi laboratori, aumentando la validità e la robustezza delle scoperte scientifiche. Questa risorsa condivisa rappresenta un prezioso strumento per il progresso della ricerca nel campo delle neuroscienze e della psichiatria.

Un’importante risorsa per le neuroscienze e la psichiatria

L’archivio delle cellule staminali rappresenta un’importante risorsa per le neuroscienze e la psichiatria. Questo straordinario progetto fornisce una collezione di linee cellulari che consentono agli scienziati di studiare i disturbi psichiatrici e del neurosviluppo in modo più approfondito. Le linee cellulari, create attraverso la conversione di cellule staminali pluripotenti indotte (iPSC) da campioni di pazienti affetti da tali disturbi, offrono una piattaforma per esplorare gli effetti delle mutazioni genetiche associate a queste condizioni. La condivisione delle linee cellulari tra i ricercatori permette di accelerare la scoperta di nuove terapie e farmaci, oltre a fornire una base solida per futuri studi sulla comprensione dei meccanismi patogenetici dei disturbi mentali. L’archivio delle cellule Staminali si configura quindi come uno strumento fondamentale per migliorare la conoscenza sui disturbi psichiatrici e del neurosviluppo, aprendo nuove prospettive per il trattamento e la cura di tali patologie.

Caratterizzazione di linee hiPSC isogeniche base-edited portatrici di alleli iSTOP LoF.
(A) Le linee mutanti iSTOP sono risultate positive per i marcatori delle cellule staminali pluripotenti (OCT4, SOX2 e TRA-1-60). Barra di scala: 50 μm.
(B) L'analisi CellNet dei dati RNA-seq delle linee hiPSC ha confermato la loro pluripotenza. I punteggi di pluripotenza hanno mostrato la somiglianza trascrizionale delle linee hiPSC iSTOP LoF modificate con le ESC ma non con altri tipi di cellule non ESC.
(C) La cariotipizzazione eSNP non ha mostrato grandi anomalie cromosomiche. A sinistra: media mobile del rapporto allelico di ogni SNP espresso lungo il genoma; a destra: tratti di omozigosi su ciascun cromosoma. È mostrato un esempio di una linea hiPSC.
(D) Alcune linee hiPSC iSTOP LoF selezionate si sono differenziate con successo in neuroni eccitatori (Syn+/MAP2+). Le immagini sono state riprese con due diversi ingrandimenti (20× e 63×). Barra di scala: 20 μm. NTC, linea di controllo non trasfettata. In (A) e (C), sono stati elencati il nome del gene per l'allele LoF e il numero della linea cellulare (che inizia con “V”).

Zhang, H., McCarroll, A., Peyton, L., Díaz de León-Guerrerro, S., Zhang, S., Gowda, P., … Duan, J. (n.d.). Scaled and efficient derivation of loss-of-function alleles in risk genes for neurodevelopmental and psychiatric disorders in human iPSCs. Stem Cell Reports. doi:10.1016/j.stemcr.2024.08.003

In conclusione…

L’archivio delle cellule staminali si configura come una rivoluzione nella ricerca dei disturbi psichiatrici e del neurosviluppo, aprendo nuove prospettive per la comprensione delle radici genetiche di tali condizioni. Grazie alla creazione di linee cellulari provenienti da pazienti affetti da mutazioni genetiche, i ricercatori potranno studiare gli effetti di queste alterazioni in modo più accurato ed efficiente. Inoltre, la condivisione di queste linee cellulari rappresenta una preziosa risorsa per la ricerca futura, permettendo a un numero sempre maggiore di scienziati di contribuire alla comprensione dei disturbi psichiatrici e del neurosviluppo. L’archivio delle cellule staminali si candida quindi a diventare un pilastro fondamentale per le neuroscienze e la psichiatria. Tuttavia, rimane ancora molto da scoprire e comprendere su questi disturbi complessi e misteriosi. Che altre sorprese ci riserverà l’utilizzo delle cellule staminali nella ricerca?

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